Al principio oíamos hablar de "El Covid-19", después comenzó a extenderse el uso de "la Covid-19" y unos argumentaban en un sentido y otros en el otro.
Si preguntamos en nuestro entorno, posiblemente no sea fácil encontrar respuestas más allá del "cómo nos suena bien". Ante la duda, la RAE ha respondido: se aceptan las dos maneras.
La explicación que nos da la RAE es la siguiente: "El acrónimo "COVID-19" que da nombre a la enfermedad se usa normalmente en masculino por influjo del género de "coronavirus" y de otras enfermedades víricas que toman el nombre del virus que las causa".
Además, también, el uso en femenino "la COVID-19" está justificado por hacer referencia a "la enfermedad".
Para conocer cuestiones gramaticales sobre "COVID-19" puede consultar aquí.