El Mar Mediterráneo se está calentado a un ritmo mayor que la media global. En el mar Balear el calentamiento del agua superficial ha sido de 1,6 ºC en los últimos 42 años, según datos procesados por el Sistema de Observación y Predicción Costero de las Illes Balears (ICTS SOCIB). Asociado al aumento de temperatura global hay un incremento en el nivel del mar. En el Mediterráneo occidental este aumento ha sido de 18,5 cm en los últimos 139 años y el ritmo de subida se ha acelerado en las últimas décadas. Este incremento del nivel del mar podría ser de entre 55,2 y 76,5 cm a finales de siglo, lo que produciría un retroceso de las playas de Baleares de entre 7 y 50 metros, reduciendo a la mitad su superficie aérea.
El aumento de temperatura tiene graves consecuencias sobre los hábitats y especies marinas que habitan el mar Balear.
Se han observado eventos de mortalidades masivas de corales y gorgonias. La gorgonia roja (Paramuricea clavata) es una de las más amenazadas por este calentamiento. Sus poblaciones en Ibiza y Cabrera están muy afectadas por el aumento de temperatura, provocando que no pueda vivir en aguas más someras y sólo se encuentre a mayor profundidad. El coral bambú (Isidella elongata) vive a 1.000 m de profundidad y se encuentra en grave peligro de extinción. Aun así, en zonas sin pesca de arrastre del mar Balear se pueden encontrar una de las poblaciones más densas del Mediterráneo.
En los últimos años (entre 2019 y 2023) se han localizado un total de 11 nidos de tortugas bobas o comunes (Caretta caretta) en playas de Baleares. Estos nuevos nidos pueden deberse a los efectos del calentamiento global. Las tortugas podrían estar intentando prevenir los efectos sobre la proporción de sexos —a mayores temperaturas nace un porcentaje mayor de hembras, mientras que a temperaturas más bajas nacen más machos— nidificando en zonas más frías.
Por otro lado, los datos de la Fundación Palma Aquarium recogidos en el Informe Mar Balear muestran que la principal causa de varamiento de tortugas marinas es el enmallamiento en plásticos o artes de pesca fantasma.
También se ha observado la colonización del mar Balear por diversas especies exóticas, algunas de ellas con carácter invasor. La mayoría de estas especies son de origen tropical y subtropical, lo que contribuye a la tropicalización del Mediterráneo.
El Informe Mar Balear es un proyecto colaborativo del que forman parte todas las instituciones de investigación marina de las islas, el Gobierno de las Islas Baleares, y entidades públicas y privadas relacionadas con el medio marino. El objetivo es recopilar la mejor información disponible sobre el mar Balear para guiar la toma de decisiones en base a datos científicos.
La actualización de 27 indicadores sobre cambio global, hábitats protegidos y especies emblemáticas del Informe Mar Balear ha contado con la colaboración de ECODES y el apoyo del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico a través de la convocatoria para el año 2023 de subvenciones en régimen de concurrencia competitiva "línea a" para el desarrollo de actividades consideradas de interés social, en el ámbito de la investigación científica y técnica y protección del medio ambiente en materias de competencia estatal.